DAPI是一種與DNA結合強烈的熒光染色劑。它廣泛用于熒光顯微鏡。由于DAPI通過完整的細胞膜，它可用于除固定細胞外的活細胞染色。對于熒光顯微鏡，DAPI被紫外線激發(fā)。當與雙鏈DNA結合時，其吸收在358nm，其發(fā)射值在461nm。DAPI的一個缺點是其排放相當廣泛。DAPI也與RNA結合，但是它不像它與DNA結合時那樣強烈地發(fā)熒光。 當與RNA結合時，其發(fā)射偏移至約500nm .DAPI的藍色發(fā)射便于多重測定，因為DAPI與熒光素和綠色熒光蛋白（GFP）等綠色熒光分子或紅色熒光染料之間的熒光重疊非常少。除了標記細胞核外，DAPI還用于檢測細胞培養(yǎng)物中的支原體或病毒DNA。

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