（一）**熒光標(biāo)記常用的熒光染料
FITC（異硫氰酸熒光素）：綠色530nm
PE（藻紅蛋白）：橙黃色575nm
PerCP（多甲藻黃素葉綠素蛋白）：深紅色675nm
PI（碘化丙啶）：橙紅色620nm
488nm波長的氬離子激光激發(fā)
APC（別藻青蛋白）：紅色660nm
630nm波長的氦氖激光或紅色二極管激光激發(fā)
Cy3：激發(fā)波長488nm，*大發(fā)射波長570nm。1）其標(biāo)記的抗體適用于所有配備488nm氬離子激光器的流式細胞儀；2）FL2通道檢測；3）為小分子染料，非常適合需小分子染料的流式細胞術(shù)，熒光強度低于PE。
Cy5：激發(fā)波長633/635nm，*大發(fā)射波長670nm。1）其標(biāo)記的抗體適用于所有配備633nm氬離子激光器的流式細胞儀；2）FL4通道檢測；3）小分子染料，非常適合需小分子染料的流式細胞術(shù)，熒光強度低于APC。4）與單核和粒細胞非特異性結(jié)合多，易出現(xiàn)假陽性結(jié)果。
（二）**熒光標(biāo)記
常用的標(biāo)記染色為直接**熒光染色和間接**熒光染色。在進行雙參數(shù)或多參數(shù)分析時，常常需要進行熒光抗體的組合標(biāo)記，目前已經(jīng)有雙色、三色以及四色標(biāo)記。
（三）細胞自發(fā)熒光
自發(fā)熒光信號為噪聲信號，在多數(shù)情況下會干擾對特異熒光信號的分辨和測量。在**細胞化學(xué)等測量中，對于結(jié)合水平不高的熒光抗體來說，如何提高信噪比是個關(guān)鍵。一般說來，細胞成分中能夠產(chǎn)生自發(fā)熒光的分子（例如核黃素、細胞色素等）的含量越高，自發(fā)熒光越強；培養(yǎng)細胞中死細胞／活細胞比例越高，自發(fā)熒光越強；細胞樣品中所含亮細胞的比例越高，自發(fā)熒光越強。
熒光染料在吸收紫外線或可見光后，能把短波長的光轉(zhuǎn)變?yōu)椴ㄩL較長的可見光波而反射出來，呈閃亮的鮮艷色彩。泛指吸收某一波長的光波后能發(fā)射出另一波長大于吸收光的光波的物質(zhì)。它們大多是含有苯環(huán)或雜環(huán)并帶有共軛雙鍵的化合.